검찰 고발 의뢰라도... ‘중복 세무조사’는 위법!

세무조사는 납세자의 조세의무 이행 여부를 확인하기 위한 제도이지만, 반복적으로 이루어질 경우 납세자에게 과도한 부담과 압박을 초래할 수 있다. 이러한 문제를 방지하기 위해 국세기본법은 ‘중복 세무조사 금지 원칙’을 명확히 규정하고 있다. 최근 대법원은 검찰의 고발 의뢰에 따라 이루어진 세무조사라 하더라도, 이미 동일한 세목과 과세기간에 대한 조사가 있었다면 위법한 중복 세무조사에 해당할 수 있다고 판단했다.

이번 판결은 세무조사와 조세범 수사가 동시에 문제 되는 실무에서 납세자 권리 보호의 기준을 다시 한 번 분명히 했다는 점에서 주목된다.

 

*대법원 2025.12. 4. 선고 2023두38998*

1. 중복 세무조사 금지, 국세기본법의 기본 원칙

국세기본법 제81조의4는 세무조사권 남용을 방지하기 위해 같은 세목, 같은 과세기간에 대한 재조사를 원칙적으로 금지하고 있다. 이는 세무조사가 단순한 행정 절차가 아니라 납세자의 재산권과 직업의 자유에 중대한 영향을 미치는 강력한 공권력 행사이기 때문이다.

법은 다만 예외적으로 재조사를 허용하는 경우를 정하고 있다. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 조세범칙행위의 혐의가 명확한 경우 등 엄격한 요건이 충족되어야만 재조사가 가능하다.

 

국세기본법 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. <개정 2018.12.31> ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. <개정 2013.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15, 2016.12.20, 2017.12.19, 2018.12.31, 2022.12.31> 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조제1항제3호 단서(제66조제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15제5항제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다) 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6. 제81조의11제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 ③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다. <신설 2017.12.19> ④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다. <신설 2014.1.1, 2017.12.19>

 

2. 사건의 개요, 검찰 고발 의뢰에 따른 세무조사

이 사건에서 과세관청은 검찰의 고발 의뢰에 따라 변호사인 A씨에 대해 세무조사를 실시했다. 국세청은 A씨가 집단소송을 수행하면서 받은 거액의 성공보수를 축소 신고해 종합소득세와 부가가치세를 탈루했다고 판단해 세금을 증액 경정했다.

그러나 A씨는 문제 된 2011년 귀속 종합소득세 및 부가가치세에 대해 이미 2012년, 2014년, 2017년 세 차례에 걸쳐 세무조사를 받은 사실이 있다며, 이번 세무조사는 위법한 중복 세무조사에 해당한다고 주장하며 과세처분 취소소송을 제기했다.

쟁점, 검찰 고발 의뢰는 재조사 사유가 될 수 있을까

이 사건의 핵심 쟁점은 ‘검찰의 고발 의뢰에 따라 이루어진 세무조사’가 국세기본법상 허용되는 예외적 재조사 사유에 해당하는지 여부였다. 과세관청은 수사기관의 요청에 따른 조사라는 점을 들어 재조사의 정당성을 주장했다.

그러나 원심 법원은 이 사건 세무조사가 종전 세무조사와 동일한 세목 및 과세기간을 대상으로 이루어진 점에서 원칙적으로 금지되는 중복 세무조사에 해당한다고 보았다. 또한 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 존재한다거나, 단순한 과세자료 처리 목적의 재조사라고 보기 어렵다며 과세관청의 주장을 받아들이지 않았다.

 

 

3. 대법원, 중복 세무조사는 원칙적으로 위법

대법원 역시 원심의 판단을 그대로 수긍했다. 대법원은 수사기관의 고발 의뢰가 있었다는 사정만으로는 국세기본법이 정한 예외적인 재조사 허용 사유에 해당한다고 볼 수 없다고 명확히 했다.

이미 동일한 세목과 과세기간에 대해 세 차례의 세무조사가 이루어졌고, 새로운 조세탈루 혐의를 뒷받침할 명백한 자료가 없는 이상, 다시 이루어진 세무조사는 위법한 중복 세무조사에 해당하며, 이에 기초한 종합소득세 및 부가가치세 부과처분 역시 취소되어야 한다는 것이다.

 

4. 부당한 세무조사 법률전문가의 도움을 받아 대응해야

 

(1) 이번 판결의 의의

이번 대법원 판결은 세무조사 실무에 중요한 기준을 제시한다. 세무당국은 검찰 고발 의뢰가 있더라도 과거 세무조사 이력과 조사 범위를 면밀히 검토해야 하며, 단순한 수사 연계만으로 재조사를 진행해서는 안 된다.

납세자 입장에서도 이미 조사받은 과세기간에 대해 다시 세무조사가 이루어진다면, 중복 세무조사 여부를 적극적으로 검토해볼 필요가 있다. 중복 세무조사에 해당한다면 세무조사 단계뿐만 아니라, 그에 기초한 과세처분 자체도 위법으로 다툴 수 있기 때문이다.

(2) 부당 내지는 불법 세무조사 적극 대응할 필요 

최근 고액 소득자, 전문직 종사자, 법인 대표자를 중심으로 세무조사와 조세범 수사가 병행되는 사례가 증가하고 있다. 이 과정에서 중복 세무조사 여부는 단순한 절차 문제가 아니라, 과세처분의 존부를 좌우하는 핵심 쟁점이 된다.

세무조사가 시작되었거나 이미 과세처분을 받았다면, 과거 조사 이력과 국세기본법상 재조사 허용 요건을 면밀히 검토하는 것이 무엇보다 중요하다. 이번 판결은 ‘검찰 고발 의뢰라도 중복 세무조사는 위법’하다는 점을 분명히 하며, 납세자 권리 보호의 기준을 다시 한 번 확인시켜 주고 있다.

 

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